Der 2.Weltkrieg bedeutete ab dem ersten Kriegsjahr 1939 einen weiteren groben Einschnitt in die Chronik der Gögginger Fußballer. Unter enormen Schwierigkeiten gelang es in den ersten Kriegsjahren zwar noch, den Spielbetrieb aufrechtzuhalten, aber ab dem Jahr 1942 war auch der TV Göggingen zur Einstellung des Fußballsports gezwungen.

Gleich nach Kriegsende, noch im Jahr 1945, entschloss sich die Vereinsspitze, wieder mit dem Fußballsport in Göggingen zu beginnen, doch das Vorhaben gestaltete sich schwierig, denn das in der Vereinsturnhalle eingelagerte Inventar wie Bälle, Schuhe und Trikots war mitsamt den Pokalen und Wimpeln geplündert worden (siehe auch die Erinnerungen der Herrn Mayer und Zimmerly). Aus dem TV Göggingen wurde nun der TSV Göggingen und zum ersten Spiel nach der langen Kriegspause kamen am 4.Oktober 1945 3500 Zuschauer nach Göggingen. Sie sahen eine ehrenvolle 2:6-Niederlage des neuen TSV Göggingen gegen den ruhmreichen TSV 1860 München.

In der Punktrunde lief es anschließend weitaus besser für die Gögginger Fußballer. Im Sommer 1946 qualifizierte sich die 1.Mannschaft für die Landesliga, stieg jedoch nach einer 1:2-Niederlage im Entscheidungsspiel gegen den FC Haidhof vor 3000 Zuschauern nach nur einer Spielzeit wieder in die Kreisliga ab. In den Jahren nach 1947 wurde die Kreisliga dann zur fußballerischen Heimat des TSV Göggingen.